1、鸡肠道微生物的研究
鸡的肠道包括十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结直肠。其中，盲肠的微生物的数量最高（－/ｇ），食糜的停留时间最长（１２－２０ｈ）。盲肠是微生物发酵的主要场所，发酵产生的短链脂肪酸（ＳＣＦＡｓ）也最多，是鸡肠道研宄最热门的部位。早期的肠道微生物研究技术，包括微生物体外分离培养、限制性酶切末端片段长度多态性技术（Ｔ－ＲＦＬＰ）、变性梯度凝胶电泳（ＤＧＧＥ）等，后来研究人员逐渐开始使用１６ＳｒＲＮＡ基因的扩增子测序技术、宏基因组鸟枪法测序技术分析肠道微生物的组成。
鸡肠道中主要的微生物为厚壁菌门、拟杆菌门、变形菌门、放线菌门，其中厚壁菌门的相对丰度最高。１６ＳｒＲＮＡ基因的研宄发现十二指肠、空肠、回肠部分释主要的微生物都是乳酸菌属３５％），而盲肠部分的微生物多样性更高，主要的微生物属包括中ｅｓ，
Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ，Ｂｕｔｙｒｉｃｉｃｏｃｃｕｓ，Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ，Ｏｄｏｒｉｂａｃｔｅｒ等。
健康的鸡肠道菌群处于平衡状态，能抑制肠道中的和等致病菌，正常菌群在肠粘膜的定殖可抵抗致病菌的入侵，维护健康的肠道生态环境。宏基因组鸟枪法测序发现，鸡的盲肠微生物宏基因组能编码多种多聚糖酶和低聚糖酶，这些酶有助于降解饲料的非淀粉多糖，有助于鸡的消化吸收。盲肠的微生物还能发酵产生短链脂肪酸（ＳＣＦＡｓ），而短链脂肪酸（ＳＣＦＡｓ）可作为能量物质被宿主吸收利用，还具有抑制病原囷的益处。在粪便样品的宏基因组研究方面，研究人员采集了瘦品系（ｌｅａｎｌｉｎｅ）和胖品系（ｏｂｅｓｅｌｉｎｅ）的粪便样品，进行了宏基因组分析，发现两种品系之间肠道微生物组成存在差异，并且有１５个ＫＥＧＧ代谢通路存在差异，包括氨基酸合成、丙酮酸代谢、脂多糖合成、肽聚糖合成等，其中许多通路与能量代谢调控相关，因而对鸡的肥胖产生了影响。
相比于人和小鼠的肠道微生物的研究，以鸡为代表的家禽类动物的肠道微生物的研究比较少，并且研宂也通常仅重点研宄盲肠和粪便样品。
此外，使用１６ＳｒＲＮＡ基因扩增子测序的研究更为普遍，而使用宏基因组技术对微生物菌群的基因功能研宄很少。目前仅有小规模的鸡肠道微生物宏基因组测序研究。研宄的样品数量和测序数据量都比较小，并且缺乏鸡肠道微生物的宏基因集，很难进行深入的基因功能挖掘。因此，鸡肠道微生物宏基因组还有待全面和深入的探索。这些研究将可能对全球家禽养殖产业产生重要的影响，具有重大意义。
鸡肠道可分为前肠和后肠，前肠包括十二指肠、空肠、回肠，后肠包括盲肠和结直肠。十二指肠主要利用胰腺分泌的消化酶和肝脏分泌的胆汁对食物进行消化，所释放的氨基酸、脂肪酸、糖类和多肽等营养物质，主要在空肠和回肠中被吸收。盲肠是微生物发酵的主要场所。微生物发酵能为宿主提供部分营养物质，也能降解有害物质，并有助于抵御病原菌。结直肠是肠道的末端部分，能吸收食糜中的部分水和盐。
鸡的前肠内容物中微生物的数量较少，大约为－／ｇ，而后肠的微生物数量较高，大约为－／ｇ。研究人员对的鸡肠道微生物的研究，主要集中于盲肠或粪便样品，对营养吸收主要场所前肠的微生物研宄较少。在本研究工作中，对鸡的十二指肠、空肠、回肠、盲肠和结直肠的宏基因组均进行了研宄，并且分析了鸡的生长过程（１－４２日龄）中，肠道微生物菌群的逐渐变化和成熟过程。
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